А как-то можно запретить запускать .exe за пределами Program Files?
Человек довольно грамотный, не кликает куда не нужно.
PHP в режиме модуля LSAPI (CloudLinux)
Теперь вы можете использовать PHP в режиме LSAPI в ОС CloudLinux. Для работы в этом режиме требуется установленный ApachePrefork. В режиме LSAPI доступен выбор версии PHP для каждого конкретного WWW-домена ("на сайт")
Да же если и делать, как вы предлагаете, то пилиь там еще достаточно. Комментарии, уведомления и т.д.