WStanley, вручную настроить сервер до вменяемого состояния целая история. Посмотрите Fastpanel. Там немного другая философия.
ИМХО она более правильная.
brezhitskiy42, да. Остальное на сервере в зависимости от задачи. Тоже самое можно указать в виртуальном хосте. Обрабатывать приложением в зависимости от пришедшего запроса.
brezhitskiy42, при том, что есть такое понятие, как мультисайтовость и мультидоменность. Работает на одном виртуальном хосте. Посмотрите хотя бы Wordpress Multisite.
Если вы хотите запускать каждому отдельное приложение, то никаких безлимитов быть не может. Хотя бы из-за того, что это дополнительная нагрузка на сервер.
brezhitskiy42, вы разберитесь сначала, что вам надо. Может и не нужны вам отдельные хосты. Вариант с wildcard и одним хостом называется алиасы домена. Разруливается на уровне приложения.