SagePtr

Включить лог медленных запросов и проанализировать план этих запросов

3. В зависимости от индексов. Если индексы правильно составлены, зависимость скорости от заполненности будет логарифмическая, а не линейная.

По-хорошему MySQL должен вообще не торчать наружу никак. Ну а если долбят мускул на шареде - это уже проблема хостера, а не клиента.

Бэкслеши не забывайте дублировать. Хотя здесь проблема не в этом, но в будущем можно столкнуться с ситуацией, когда бэкслеш и следующая за ним буква образуют какой-нибудь управляющий символ.

логи MySQL смотреть

Смотря где хранятся сессии. Если на диске, то дёргать каждый раз ещё бессмысленнее, чем из БД (где на запросы есть кэш)