Вероятнее всего, в базе у вас между <br> и точкой что-то есть, например, перенос строки, не отображаемый в MySQL-клиенте, которым смотрите базу.
Как вариант, можно сделать дамп БД и внимательно изучить его на наличие подобных комбинаций, а потом уже на живой базе заменять.
Den4_x, а зачем вообще выполнять такие телодвижения? Эти данные будут отображаться только на вашем компьютере локально. Если этот файл куда-то скопировать (на другой компьютер) - там этих данных уже не будет.
А версии PHP из какого именно репозитория установлены? В deb.sury.org для xenial ничего нет, а из ppa:ondrej/php старые релизы убунты убираются после окончания основного цикла поддержки.
ambisinister One, так автору и нужен основной раздел, судя по формулировке вопроса, который ошибочно поменял идентификатор на идентификатор EFI-раздела.
Может быть, дело в UEFI? За ядро линукса не скажу, а вот в винде флоповод работает только в режиме CSM. В UEFI винда его не видит (вероятно, через какие-то устаревшие прерывания BIOS с ним работает).
FanatPHP, не во всех случаях. Например, по имени и заявленному майм-типу там jpeg, внутри SWF с ZIP-бімбой, а валидация происходит функцией getimagesize. В таком случае getimagesize начнёт радостно распаковывать этот файл, выжрав память сервера. Хотя может быть в современных версиях PHP подобные шалости поправили, не проверял, честно говоря.
Как вариант, можно сделать дамп БД и внимательно изучить его на наличие подобных комбинаций, а потом уже на живой базе заменять.