Я бы посоветовал *VA матрицу.
Глубокий черный цвет, яркость можно настроить на довольно низком уровне (хотя это больше от самого монитора зависит).

Длительную операцию в отдельный поток вынести пробовали?

Самым мягким для чтения считаются PVA мониторы.

На счет ноутбуков — надо смотреть самому и пробовать. Некоторые топовые модели используют IPS матрицы.
Вообще, встречал те, за которыми после 5 минут работы глаза очень сильно уставали, так и такие, за которыми можно было проработать весь день. Оба были на TN-матрице.

Лично мне очень понравилась книга «Android 2. Программирование приложений для планшетных компьютеров и смартфонов (Рето Майер, Эксмо, 2011)» (есть на 4pda).

Но там только про Android (обзорно + примеры), о Java так таковой не рассказывается.
Детали, как правило, приходится выяснять или в документации или статьях.