В линкере надо прописать lib файл. При этом файл sqlite.c не нужно добавлять в проект, достаточно sqlite.h файла.
Если не хотите, чтобы sqlite был отдельно лежащей библиотекой dll, то просто добавьте исходники(.c и .h) sqlite в проект и больше ничего настраивать не нужно.
Для таких целей бесплатных продуктов нет. Есть специализированные решения, навроде IndustrialSQL или Proficy Historian. Такие решения работают либо поверх MS SQL Server, либо это собственное проприетарное решение.
Пользовательская неактивность выражается в том, что он не двигает мышкой и не стучит по клавишам?
Тогда можно просто хук поставить на эти события через SetWindowsHookEx и по таймеру отслеживать неактивность.