Во-первых поставьте системную Qt (погуглилте как это в вашем линуксе сделать), для вас это будет намного проще, чем собрать Qt самостоятельно и сделать все то, что CLion написала вам в лог.
Во-вторых CMakeLists должен быть примерно таким (ну инклюды там свои пропишите и пр.):
cmake_minimum_required(VERSION 3.0.0 FATAL_ERROR)
project(Foo)
set(CMAKE_CXX_FLAGS "${CMAKE_CXX_FLAGS} ${Qt5Widgets_EXECUTABLE_COMPILE_FLAGS} -std=c++1y")
set(CMAKE_AUTOMOC ON)
set(CMAKE_AUTOUIC ON)
set(CMAKE_AUTORCC ON)
set(CMAKE_INCLUDE_CURRENT_DIR ON)
find_package(Qt5Widgets REQUIRED)
include_directories(${Qt5Widgets_INCLUDES})
add_executable(Foo main.cpp)
qt5_use_modules(Foo Widgets Core)
Но зачем вам страдать с CLion, которая под разработку на Qt вообще не заточена? Не лучше ли взять нормальную IDE вроде QtCreator и не страдать?
