Толстый клиент не оперирует данными в файловой БД напрямую.
Сначала он подгружает данные в кэш, потом работает там с ними, и уже готовый результат заливает из кэша в базу.
В результате в кэше постоянно хранятся часто используемые данные, а метаданные(данные о структуре) вообще хранятся там между сеансами.
В общем если вы обновили конфигурацию, тем более динамически, то данные в кэше некорректны. Поэтому база будет либо зависать, либо вылетать с ошибкой.
Закройте все сеансы работы 1с, и удалите из папок
%userprofile%\AppData\Local\1C\1cv8\
%userprofile%\AppData\Roaming\1C\1cv8\
все файлы которые выглядят примерно так - 012b14fe-4d77-43c7-8e9a-0a46ae4a8121
