Если реализация была с помощью плагина и в шаблоне WP стоит проверка на функцию вывода пагинации (т.е. подключен ли плагин и доступна ли его функция), то нужно копать в этом направлении (попробовать переустановить плагин или переименовать его папку и включить снова).
Или если у вас реализация пагинации в functions.php файла темы то копать уже нужно конкретно код.
А если вы выводите ссылки стандартными средствами вп (Далее и Назад) то тут присутвует магия и без бубна не обойтись.
Приведите кусок кода с выводом пагинации и дальше уже посмотрим.
