Да, смысл есть. Если система откинет копыта или что-то случится с самим разделом, то её можно будет легко переустановить не беспокоясь за важные файлы на втором разделе. Само собой если профили пользователей, документы, мультимедиа, ПО и игры хранить на втором разделе. Если на системном диске не хватает места - то он легко расширяется за счёт второго диска с помощью менеджеров диска типа Acronis DD или GParted.
