В течение 60 секунд после запроса на webhook вы должны отправить ответ с кодом 200, иначе телеграм повторит запрос.
Соответственно, если вашему боту нужно более 60 секунд, то лучшим вариантом будет помещение запроса в очередь (например, RabbitMQ) и ответ "Запрос принят, идёт обработка" с кодом 200 Ok. Затем отдельным консольным скриптом обработка запроса из очереди и отправка результата пользователю.