Rsa97

Опасны - потому, что можно увести всю информацию из базы, ну или поломать её.
Скажем, в своём запросе подставьте $id = '1 OR true'
Защита - использование подготовленных выражений с плейсхолдерами.

Как раз Id пользователя в БД меняться не должен никогда. А вот email можно менять как угодно.

Вешать на таблицу триггер BEFORE INSERT с заполнением поля.

Как правило, электронная подпись документа делается в виде хэш-суммы контролируемого набора атрибутов документа (текст, название, автор и т.д.), зашифрованной закрытым ключом. Для проверки снова производится вычисление этой же хэш-суммы, подпись расшифровывается парным открытым ключом и расшифрованная хэш-сумма сравнивается с вычисленной. Если они совпадают - подпись действительна. Если какой-либо атрибут документа был изменён, то хэш-суммы не совпадут.
В первом варианте обе части ключа хранятся в системе, для подписи документа пользователь вводит пароль к закрытому ключу, подписание идёт непосредственно на сервере.
Во втором, более сильном, варианте закрытая часть ключа хранится у пользователя на криптоносителе. Сформированный документ передаётся с сервера клиенту, подписывается через криптопровайдер (например, КриптоПро ЭЦП Browser plug-in) и подпись отправляется обратно на сервер.
В обоих случаях открытая часть ключа хранится на сервере и служит для проверки подписи.

Для начала - записать запрос понагляднее. В условиях ON записать поля присоединяемой таблицы в левых частях сравнений:

SELECT * 
  FROM `tbl_1` 
  LEFT JOIN `tbl_2` ON `tbl_2`.`id_fp` = `tbl_1`.`foto_id` AND `tbl_2`.`sklad` = 'Склад' 
  WHERE (deleted="no" AND `where`="arh")  AND (`type`="Cloth" ) 
  ORDER BY `foto_id` ASC 
  LIMIT 9447,20;

Теперь видно, что для ускорения JOIN'а стоит сделать в таблице `tbl_2` составной индекс (`id_fp`, `sklad`).
Затем надо смотреть EXPLAIN и, возможно, переносить условия из WHERE в предварительную выборку из `tbl_1`.
Но, если к одной строке из `tbl_1` присоединяется несколько строки из `tbl_2`, то ORDER BY и LIMIT надо оставить снаружи.

SELECT * 
  FROM (
    SELECT *
      FROM `tbl_1` 
      WHERE (deleted="no" AND `where`="arh")  AND (`type`="Cloth" ) 
      ORDER BY `foto_id` ASC 
      LIMIT 9447,20
  ) AS `t1`
  LEFT JOIN `tbl_2` ON `tbl_2`.`id_fp` = `t1`.`foto_id` AND `tbl_2`.`sklad` = 'Склад'

Ну и, напоследок, заменить * на необходимый список полей, чтобы не тянуть из базы лишние данные.

Навесить на вставку/изменение строк триггеры BEFORE INSERT / BEFORE UPDATE, в котором будет идти нужная проверка и выдаваться ошибка.

Никак. В MySQL функция возвращает только одно значение. Может вам подойдёт VIEW?

Повесьте триггер

DELIMITER $$
CREATE TRIGGER `items_BEFORE_INSERT` BEFORE INSERT ON `items` FOR EACH ROW
BEGIN
	DECLARE oldmax INT;
	SELECT IFNULL(MAX(`alt_id`), 0) 
		FROM `items` 
		WHERE `category_id` = NEW.`category_id` 
        INTO oldmax;
	SET NEW.`alt_id` = oldmax+1;
END$$
DELIMITER ;