Rsa97

Вариант 1: Смена на ON DELETE CASCADE, в этом случае все связанные записи также будут удалены.
Вариант 2: Смена на ON DELETE SET NULL, этом случае во всех связанных записях поле связи примет значение NULL.
Вариант 3: Предварительное удаление вручную всех связанных записей.

SELECT `d`.*
  FROM (
    SELECT `dish_id`
      FROM `ingredient_dish`
      WHERE `ingredient_id` IN (11,14)
      GROUP BY `dish_id`
      HAVING COUNT(*) = 2
  ) AS `di` 
  JOIN `dish` AS `d` ON `d`.`id` = `di`.`dish_id`

https://dev.mysql.com/doc/refman/5.7/en/join.html

In MySQL, JOIN, CROSS JOIN, and INNER JOIN are syntactic equivalents (they can replace each other).

SELECT `i`.`id`, `i`.`name`, `i`.`color`, `p`.`name_file_jpg`
  FROM `item` AS `i`
  LEFT JOIN (
    SELECT `id_item`, MIN(`id`) AS `min`
      FROM `photo`
      GROP BY `id_item`
  ) AS `m` ON `m`.`id_item` = `i`.`id`
  LEFT JOIN `photo` AS `p` ON `p`.`id` = `m`.`min`

Неправильно.
Поле `id` здесь лишнее, первичным ключом должна быть пара (`user_id`, `video_id`).
При добавлении видео в закладки добавляется не поле, а строка в таблице, при удалении видео из закладок строка, соответственно, удаляется.
Сами поля должны быть внешними ключами к соответствующим таблицам с параметрами ON DELETE CASCADE ON UPDATE CASCADE.

UPDATE `product`
  SET `description` = CONCAT(SUBSTRING_INDEX(`description`, '(', 1), SUBSTRING_INDEX(`description`, ')', -1)) 
  WHERE `description` LIKE '%(%)%'

SELECT `b`.`id` AS `bot_id`, IFNULL(`c`.`count`, 0) AS `total`
  FROM (
    SELECT `bot_id`, COUNT(*) AS `count`
      FROM `items`
      GROUP BY `bot_id`
  ) AS `c`
  RIGHT JOIN `bots` AS `b` ON `b`.`id` = `c`.`bot_id`
  ORDER BY `total`

Вложенные в SELECT запросы - не самая хорошая идея, они будут вызываться на каждой строке основной таблицы.

SELECT `t`.`id_project`, `p`.`title`, `t`.`task_count`, 
       `t`.`task_lose`, `t`.`task_active`
  FROM (
    SELECT `id_project`, COUNT(*) AS `task_count`, 
           SUM(`status` = '1' AND `deadlines` < :TIME) AS `task_lose`,
           SUM(`status` = '1') AS `task_active`
      FROM `tasks`
      GROUP BY `id_project`
  ) AS `t`
  RIGHT JOIN `projects` AS `p` ON `p`.`id` = `t`.`id_project`
  ORDER BY `t`.`task_lose` DESC, `t`.`task_active` DESC, 
           `t`.`task_count` DESC

SELECT SUM(`sum`), COUNT(*)
  FROM `table`
  GROUP BY `name`, HOUR(`datetime`)

WHERE работает до GROUP BY, соответственно использование агрегатных функций (MIN, MAX, и т.п.) во WHERE не допускается.
Кроме того, начиная с версии 5.7 при использовании группировки все поля в SELECT должны быть либо агрегатными функциями, либо полями группировки. SELECT * выдаст ошибку.