MySQL построен по клиент-серверной технологии. С файлами базы данных работает сервер, к которому обращаются клиенты. Сервер может располагаться на том же компьютере, что и клиент, или на другом, доступном через сеть. Такая технология используется, как правило, когда все экземпляры приложения работают с одной общей базой данных.
Если вам надо держать отдельную базу данных для каждого экземпляра приложения, то смотрите в сторону SQLite.