$select = array();
if (isset($_SESSION['manufacturer']))
$select[] = "`manufacturer` = '{$_SESSION['manufacturer']}'";
if (isset($_SESSION['minSize']))
$select[] = "`size` >= {$_SESSION['minSize']}";
/* Остальные параметры */
$where = implode(" AND ", $select);
if ($where != "")
$where = "WHERE {$where}";
$request = "SELECT * FROM `stock` {$where}";
HTML5 допускает использование амперсанда без преобразования в &, но если за ним идут алфавитно-цифровые символы, заканчивающиеся точкой с запятой (;), то может возникнуть ошибка когда браузер попытается трактовать такую строку как именованный символ.
Замена амперсанда не требуется только внутри