$doc_encoded = urlencode('Продажи_месяц_май.xls');
/file.php?blablabla=123&document=$doc_encoded
...
...
...
$doc = urldecode($_GET['document']);
$file_s = './file_temp/'.iconv('cp1251', 'UTF-8', $doc);
$file_sr = './file_temp/'.$doc;
//Сделайте дебаг содержимого $file_s и $file_sr в этом месте, ибо я хз что у вас с кодировками, гадание на кофейной гуще немножко.
$file_name_with_full_path = realpath($file_s);
Еще можно считать прямо из мускуля по timestamp дате создания (с ключом)
И загонять в order.daily_number=orders_count+1. Но это нужно тестить тщательно на ситуации с параллельными транзакциями