Reversaidx

Ну тут всё просто и очевидно, менять диск и восстанавливать из бекапов(или возможно был рейд)

Ты смотришь не логи мускуля а логи systemd, проверь логи в мускуле(в папке /var/log) там должно быть больше информации

Посмотри исходящие соединения, возможно они забиваю коннекты к апачу(netstat -anp|grep tcp|grep apache2)
То что в папке /tmp что-то запускалось, вообще не говорит о том что сервер был взломан(могла быть взломана отдельная CMS или скрипт), смысла переставлять сервер - нет.
Лучше обратиться к шарющим людям(особенно в момент проявления проблемы), такие ошибки быстро фиксятся при достаточном опыте.

Если требуется выполнить однотипные задачи на разных серверах то рекомендую освоить Ansible

попробуй использовать python3, или установи второй

Я бы добавил команды в файл /etc/rc.local, в нём команды исполняются каждый раз при загрузки системы(по строкам)

попасть в DevOPS из админа практически нереально, тебе нужно начать обслуживать только Linux сервера, устройся на работу хотябы в веб хостинг.
Использование Докер в Windows пустая трата времени, в проде его никто использовать не будет, тренируйся хотябы на виртуалках, на практике у себя не сможешь использовать видимо

Можно, запускай её от спец пользователя(нового), можно заблокировать его с помощью iptables.
iptables -I OUTPUT -m owner --uid-owner user -j DROP

Используй rsync в screen (обе утилиты гуглятся на раз)
1. apt-get install screen
2. screen
3. rsync -av /sours/ /dest/

if ($host != topligarun.ru  )
{return 301 https://topligarun.ru$request_uri;}

Как-то так

Всё что угодно, но не фряха, ни пакетов ни обновлений.
Дальше я бы выбирал между Centos7 и Ubuntu16.
Первое если нужна обычная стабильность и нет извращенских требований(там больше документации по сравнению и Ubuntu и проще настраивается), Ubuntu в случае активного использования последних технологий и пакетов( на Центось они выходят дольше)

Можно попытаться настроить через nat что - то типа
ptables -t nat -A PREROUTING -p tcp --dport 80 -j REDIRECT --to-ports 5000
ptables -t nat -A PREROUTING -p tcp --dport 443 -j REDIRECT --to-ports 5000

Нужно установить x-server, и VNS сервер, попробуй найти в гугле, задача не уникальна.
Но лучше этим не заниматься(лишняя нагрузка на VPS ни к чему) , если нужен IP машины, просто настрой VPN и заходи в адвёрс через впн.