Я правильно понимаю что у вас будет так:
moskow.site.ru
spb.site.ru
vrn.site.ru?
Для себя определите плюсы и минусы, что даст вам то либо другое решение. Например при раздельных базах в случае падения одной из баз какого-либо региона пользователей можно будет временно направлять на домен ближайшего региона, с работающей базой.
