Вам скорее всего надо использовать смешанный способ.
Если есть что-то общее у сайтов, то таблицы должны быть общие.
Например, для пользователей, скорее всего, будет общая таблица, а для других — отдельная база.
Подробнее
habrahabr.ru/post/133086/ внизу в разделе 2.b.