Вы можете настроить резервное копирование любой удобной вам программой. Их много и многие из них бесплатны. Cobian, duplicati... Пусть она копирует уже сжатые данные (папки с документами на сервере неплохо сжимаются) в отдельную папку, можно и у документы юзера. А уже эта папка синхронизируется с облачным хранилищем. Некоторые проги сразу умеют сами закидывать в облака.
У ЯДиска есть
настройка расположения папок.
Учтите что Яндексу не очень нравится такой вариант использования, со своей стороны они могут периодически что-то менять.
А чего вы хотите добиться?
Предположим у вас накрылся сервер. В этом случае копии сохранятся.
Предположим у вас сотрудник удалил файлы в папке. Через месяц в облаке они тоже удаляться.
Предположим шифровальщик. Если в истории файлов есть нужные файлы до шифрования, вы спасены.
Ну и самый печальный вариант. Шифровальщик который узнал ваши учетные данные для подключения к ЯДиску...
Настройте лучше копирование сразу в разные места, часть этих мест - оффлайн. Это значительно повысит ваши шансы на успешное восстановление