RPG

Проблемы с разделом /var/log.

Попробуйте
umount -l /var/log

Далее диагностируйте проблему:

findmnt
vim /etc/fstab

Надёжнее всё же будет ACL/chroot, чтобы не приходилось обновлять - mount --bind. А то знаете ли curl file:///etc/passwd, да и всякое бывает.

А что значит "много файлов лучше не создавать"? Вот полмиллиона файлов в одной папке:

$ time seq 500000 | xargs touch
real	0m9.208s
# echo 3> /proc/sys/vm/drop_caches
$ time ls -U | wc -l
500000
real	0m0.393s
$ time ls | wc -l
500000
real	0m3.149s

Далее уже только проблемы криворуких разработчиков файловых менеджеров, которые пытаются полмиллиона файлов сразу считать в память, отсортировать и запросить mime-тип для каждого. А файловая система их переваривает спокойно.
Да, и это на машине из прошлого века. На core i7 будет раза в 2 быстрее.

В вашем случае я бы ещё посмотрел в сторону баз данных.

Слишком много папок тоже плохо - чем больше вложенность, тем больше будет оверхэд по инодам. Всё зависит от файловой системы и от того, что вы понимаете под "очень много". По опыту скажу, что ext4 с множеством метаданных справляется быстрее остальных и скорее всего подойдёт для такой задачи, XFS наоборот хороша для хранения очень больших файлов - баз данных, например.

Есть ещё новая ФС - btrfs, она умеет держать метаданные для большой файловой системы на SSD дисках, а данные - на более медленных. Для больших хранилищ самое то.

Далее уже просто экспериментально можно проверить, что будет быстрее - большая вложенность или множество файлов в одной папке. Судя по структуре хранилища хабра наиболее оптимальным считается 4096 элементов на каталог.

events.linuxfoundation.org/slides/2010/linuxcon201...

См. также Какое максимально число папок можно создавать в папке?

[root@localhost]:.git#

Попробуйте не работать под рутом.

В CentOS очень старая версия ImageMagick, не исключено, что проблемы именно из-за этого. Браузер - не показатель, так как движок SVG у него свой. В Win8 наверняка версия новее - сравните версии программ.

Выхода два.
* Найти RPM-ку с обновлённой версией ImageMagick под CentOS или скомпилировать последнюю версию вручную. С виртуальным хостингом, правда, не сработает - вам просто не дадут обновить софт на сервере.
* Задействовать другую программу, поддерживающую SVG, например, Inkscape.

P. S. Ну и SVG на 5 мегабайт - это перебор. Если у вас виртуальный/выделенный сервер - может быть такое, что ему просто не хватило памяти. Понаблюдайте за процессом конвертации в top, если возможно.