А что значит "много файлов лучше не создавать"? Вот полмиллиона файлов в одной папке:
$ time seq 500000 | xargs touch
real 0m9.208s
# echo 3> /proc/sys/vm/drop_caches
$ time ls -U | wc -l
500000
real 0m0.393s
$ time ls | wc -l
500000
real 0m3.149s
Далее уже только проблемы криворуких разработчиков файловых менеджеров, которые пытаются полмиллиона файлов сразу считать в память, отсортировать и запросить mime-тип для каждого. А файловая система их переваривает спокойно.
Да, и это на машине из прошлого века. На core i7 будет раза в 2 быстрее.