Можно через еще одну таблицу (id,user_id,questions_id,passed), что логично. Если важна скорость, то смотрите в сторону, к примеру, Redis, и уже там храните флаг.
P.S. Тема очень похожа на "прочитанные\непрочитанные комменты", по гуглите посмотрите код, возможно придет в голову нужное решение именно под ваш вариант.
