А в чем проблема загрузить фикстуры в работающую бд? К конкретным PK данные не привязываются, если только самому не указать эти PK, конфликтов с существующими данными быть не должно.
Как альтернатива — использовать миграции, чтобы 2 раза одни и те же данные не залить. Но миграции это все-таки для структуры и не рекомендуется использовать классы модели в коде миграций.
