Если Linux, то любой почтовый сервер, сохраняющий письма в файлы (формат Maildir), например, dovecot + простенький демон, писользующий inotify.
Если ящик один, то достаточно incrond — вам останется только создать для него правила.
Если ящиков много, то есть 2-а варианта:
1. всю почту собирать в один ящик->использовать написанное выше->после обработки раскладывать по нужным ящикам.
2. осилить python и замечательный pynotify (который в отличии от incrond умеет мониторить поддиректории).
