Если проблема только с тем, что у вас циклов слишком много, то можно 3 последних объединить в 1.
Вы при каком условии должны числа дописывать в ответ? Пока есть число хоть в одном из двух массивов.
Вот и получается:
while (i < M || j < N)
Но внутри уже чуть побольше случаев. Можно просто ваши же условия объединить. Если выполняется условие первого цикла - делаете тело первого цикла. Иначе, проверяете условие второго цикла, делаете его, иначе - тело третьего цикла.
Но можно знатно сократить код, если просто расписать все варианты, когда вы берете число из A. В противном случае, очевидно, берется число из B. Число из A берется, если оно есть и оно "лучше" числа из B - или B вообще нет, или A < B:
if (i < M && (j == N || A[i] < B[j])) {
C[k++] = A[i++];
} else {
C[k++] = B[j++];
}
