PriFak SecLight

Костыль с флешкой работает потому что загрузчику в установщиках делают универсальной, а при установке системы ставится такой, какой понял и запустил установщик.
Поэтому вариантов 2 - переустановить загрузчик на уже установленном ссд(если разметка на нем гпт)
Или ты забыл выключить секюр бут и оно ничего кроме загрузочных флешек не пускает.

Это не проблема. Смотри, у тебя есть раздел EFI на 4 мегабайта, где хранится кусочек бут раздела для биоса, потому что ты решил записать все жто в MBR. Вся остальная часть манджаро хранится на втором разделе флешки.
А во вторых - у тебя биос или уефи. если всеже уефи то выбери в руфусе gpt вместо мбр. также могу посоветовать использовать etcher для записи дистрибутивов линукс на флешку, он немножко лучше подходит именно для этого.
В целом - проблемы нет

для начала - зачем линукс? если эксперименты то и 60 гиг ссд хватит, если для работы то по сути 120 гиг хватит.
я держу на одном 500 гиг ссд и винду и линукс в равной степени - половина туда и половина туда. Пользуюсь тоже равно - и места хватает. то есть для сценария работы и експериментов смысла нет покупать и докупать еще место.