Pb_hard

Ну в общем то так и должно быть.

Для быстрой работы 1с нужно -
1. Частота процессора не менее 3ггц. желательно больше. Новый процессор у вас медленней старого, так что закономерно ждать замедления работы 1с.
2. Достаточный объем оперативки. - с этим у вас проблем нет.
3. Быстрые диски. - с этим у вас явные проблемы.

Насчет дисков -
1. Никогда не ставьте ОС и базы данных на один физический диск или рэйд.
2. Старайтесь не использовать виртуализацию это очень сильно может ударить по скорости дисковой подсистемы. В случае виртуализации у вас не будет работать TRIM например гарантированно.
Непонятно зачем вам RAID из MVME ???? Тем более программный. Вы просто ухудшаете производительность дисковой системы, ничего не получая взамен.

Рекомендация - уберите виртуализацию, и разнесите ОС и базы 1с на разные физические диски. Желательно SSD.
При чем в первую очередь на SSD должна быть система.

В идеале при 40 пользователях надо перейти с файловой 1с на клиентсерверную.
Отдельно сервер субд и 1с, и отдельнй физический сервер под терминал.

Для домашнего использования - нет!
Серверное железо стоит брать когда у вас много серверов или много пользователей.
Если у вас нет хотя бы 30 пользователей или десятка серверов - в серверном железе нет необходимости как правило.

(2xXeon E5-2690v4, 128Gb

Дешевле купить новое железо в ближайшем днс и работать будет шустрее.

а вот наличие IPMI очень бы не помешало

Дома? Зачем? Ну если уж очень хочется у некоторых десктопных чипсетов от интел которые начинаются на букву Q есть такое.
Но по факту - для дома оно нафиг не нужно. IPMI крайне нужен когда нет возможности доступа к железу, а дома оно всегда под рукой.