Задача: запустить много ботов в одном докере.
Где докер файл, которым ты решаешь эту задачу? Что значит в одном докере? В одном контейнере? Зачем?
После экспериментов с многопоточностью и различными вариантами кода, то понял что сам докер блокирует все потоки
Какое отношение к вопросу имеет многопоточность?
Наиболее предсказуемый вариант разворачивать ботов независимо друг от друга. Если им нужно какое-то общение между собой это реализуется другими средствами: общей БД, реплицированным кэшем, брокерами сообщений и прочими, но никак не запуском в одном процессе.