Чтобы качество звука было достойным, следует подключать гитару через специализированный усилитель, который имеет инструментальный вход. Например, внешний аудиоинтерфейс Scarlett FocusRite

Источники звука могут быть трех видов - линейней сигнал, сигнал от стандартного динамического микрофона, сигнал от гитары.
Все три источника отличаются по электрическим параметрам - напряжению и сопротивлению, и если их перепутывать, можно или что-то пожечь, или получить ужасное звучание.
jack - это виртуальная коммутационная панель для создания цепочки обработки звука. С его помощью можно соединить входы-выходы аудиоинтерфейсов и программы обработки звука.
Получение приемлемого качества звука опенсорсными средствами - нетривиальная задача, которая требует подробного изучения. Главной проблемой тут будут задержки в тракте обработки сигнала, и как итог - фактическая невозможность нормально исполнять произведения.
Если под Windows довольно много всевозможных гайдов, да и дело там обычно сводится к установке ASIO и GuitarRIG, то под линуксом придется многое ковырять вручную.