NillR

> Может быть можно как-то настроить так, что при добавлении сайта(домена) не нужно было править конфиг файл?

Есть форк nginx'а OpenResty, с добавлением некоторых фич, для него помнится даже был lua-resty-auto-ssl, который при первом обращении к домену резво сам бежал за сертификатом и его генерил. Было полезно до того, как LE стали выдавать wildcard.
Сейчас же проще сделать wildcard'ы для всех своих доменов второго уровня и использовать их на всех доменах третьего.

> Ubuntu 18.02

Так не бывает. Ubuntu бывает .04 и .10, однажды(в 2006 году) была .06

> Nginx version: nginx/1.14.0 (Ubuntu)

Рекомендуется использовать либо текущий stable, либо даже текущий mainline. Есть репозиторий от разработчиков. В дистрибутиве идет старый. Но это так, скорее просто совет

Вообще за 755 и 644 нужно бить ногами
В нормально настроенной системе должно хватать 700 на директории и 600 на файлах, в крайнем сулчае 750 и 640.
Для массового задания прав используйте find и chmod

find . -type d -exec chmod 0755 {} \;
find . -type f -exec chmod 0644 {} \;

Рекурсивно от директории в которой находитесь и глубже задаст 755 для всех директорий и 644 для всех файлов
Вместо . можно использовать полный путь к директории.