Чтобы считать часы, поросите для начала поставить сотрудника себе таймер (например, Grindstone). Если сотрудник честный и ответственный, он будет работать по проекту и выделять нужное время. Если вы заметите, что за выполненный период времени, работы выполнено меньше чем нужно. Тогда уже стоит задуматься над программами со скриншотами.