Сменить пароли ко всему - это по любому.
Ну найти червя нужно через Total Commander. Wordpress это такая CMS у которой много уязвимостей из-за плагинов. Может проверьте плагины.
Как используются права обладателя платных шаблонов на themeforest допустим ? Какие ко мне могут быть притензии, если я допустим, за основу возму дизайн и переверстаю на свой лад ? В последствии накину на cms со своим контентом.
Большинство так и делает. Берите шаблон под основу и переделывайте под свои нужды.