При публикации тот же гугл переподписывает приложение другим ключём. Как другие сторы не знаю.
Ну и помни, что apk - это по сути zip-архив с инсталлятором приложения. Он разархивируется на "диск".
Причём до первого запуска пользователем вообще ничего нельзя делать. То есть во время установки ничего ни проверить ни исправить.
Что когда и как будешь проверять - ну ХЗ.