Самый надежный пока наверное sha-2, все-таки стандарт по умолчанию сейчас именно хеши из этого семейства.

Над гнездом кукушки. И книга и фильм отличные.
Порою блажь великая. Тоже Кена Кизи.
Ночь нежна. Фицджеральда.
Властелин Колец.
Бог света. Желязны.
Из фильмов очень нравится Красота по-американски.

Дык это, если злоумышленник уведет базу hash_of_hash, как вы ее называете, то он сможет спокойно авторизовываться в качестве любого пользователя в дальнейшем, разве нет? Например, Ева знает hash_of_hash Алисы. Ева запрашивает ключ. Получает 1234. Вычисляет md5(hash_of_hash+1234) отправляет все дело серваку. Тот вычисляет md5(hash_of_hash+1234) и Ева внутри. Получается что в базе у вас будут лежать данные, используя которые злоумышленник может успешно авторизоваться. А это не есть хорошо.:)

Какая конфигурация то допиливается? Просто если управление торговлей, то там места хранения уже реализованы. Для этого в УТ используется регистр сведений, в котором измерениями служат склад и номенклатура, а ресурсом является иерархический справочник Места хранения.
При таком подходе пользователи задают места хранения для определенной номенклатуры, а потом при печати расходных накладных это место хранения выходит на печатную форму со всей своей иерархией. Например Склад1>стеллаж3>Полка4.

Как то был на презентации, где демонстрировали систему ЭЦП для мобильных телефонов. Так вот на старенькой нокии докладчик подписывал сообщения алгоритмом ECDSA в течении 5-7 секунд. Из стандартных и гарантированно стойких методов ECDSA обеспечивает наибольшее быстродействие. А следовательно далее решать вам, если вас такой результат устраивает, то смело используйте ECDSA, ну или какой-нибудь ECDHIES если нужна не подпись, а шифрование.
В случае, если время всетаки критично, то проанализируйте т.н. быстрые цифровые подписи. Стойкость этих систем также не вызывает вопросов, но намного ли они быстрее обычного ECDSA я не знаю.
И напоследок есть еще один вид криптосистем HFE. Они используются для генерации очень коротких цифровых подписей, скорость работы как я слышал гораздо быстрее обычных криптосистем, основанных на дискретном логарифме, но стойкость их вызывает, мягко говоря опасения. Так одна из первых криптосистем такого рода Matsumo-Imai уже благополучно взломана. Так что повторюсь, по моему мнению, при поиске альтернативы ECDSA или RSA, вы в конечном счете размениваете стойкость на скорость.