1. Делай префабы игровых объектов и местности. Позже просто перекидай на новые сцены.
2. Сцены создавать нужно в самом Юнити а не во время игрового процесса.
3. Что бы часть уровня (сцены) загружалась после прохождения части уровня можно сделать тригер а саму часть уровня просто сделать отдельным GameObjectom и в начале уровня вырубать этот GO, а позже при каком то условии наприме ркаснулся тригера. Делать этот GO активным.
4. Тебе нужно: тригер, префабы.
Тормозить из за того что ты перенесёшь объекты из сцены 1 на сцену 2 не будет. Главное грамотно делат ьвсё а не накидать по 5к ГО что бы Пк кашлять начал