Из того, что вижу, там, по ходу, собираются подписки на ready всякие с учётом того, что jQuery ещё мог не подгрузиться.
Во втором скрипте эти подписки все запускаются с расчётом на то, что jQuery уже есть.
Такая себе перестраховка.
С тем же defer ненужная абсолютно.