sql.ru
wikipedia.org
github.com

система отслеживания перемещения объектов — СОПА

Пока у вас всего 2 компонента запланировано, пользователю возможно разрешите иметь ещё одну для своих доработок. Каждый из них может подменить своими некоторые файлы более глубокого слоя, и пользоваться этими перекрытыми в случае необходимости. Лучше, когда код разных уровней не смешивается.

Наверняка можно сделать в фреймворке папки для этих «перекрытий», по сути повторяющие оригинальную структуру, и одну функцию для определения пути для любого используемого файла, который ищет в этих трёх (а не 100500) возможных местах… И пользоваться всеми файлами через неё…

Хотя — это вариант переделать фреймворк, а это может быть невозможно. Можно попробовать держать в одной папке два репозитория РАЗНЫХ СКВ — git и hg, например, или git и svn. И для каждой из этих систем держать свой комплект списка игноров и вести его… С другой стороны, если CMS вносит свои изменения в файлы (те же шаблоны, например) фреймворка — то один файл в двух версиях Вам понадобится, а в одной папке этого точно не сделать.

Есть вариант разные ветки одного репозитория иметь, и время от времени в ветку с CMS мёржить без слияния правки из ветки фреймворка… Тоже возможный вариант, да… Может, даже лучший в описанной ситуации. Вы про этот вариант в UPD писали?

Проблему отсутствия общедоступного движка, который все знают и любят, вместе с проблемой обучения ему, а заодно вместе с проблемой улучшения и поддержки своего движка, можно решить одним смелым ходом:

Откройте свой движок сообществу, с исходниками, на гитхабе, и пиарьте его на всех углах! Уверен, народ подтянется и будут и изучать, и развивать, и документировать, и использовать. Если он и правда так хорош, как пишите.