хорошо бы было и верску увидеть, но можно и обойтись. Если делать именно так как у Вас написано то можно сделать так:

$('.sub-menu_lvl1 li a').mouseenter(function() {
    var classes = ['one','two','three','four','five']
     
    $('.sub-menu_lvl2').removeClass('info-visible');
    $('.sub-menu_lvl2.' + classes[ $(this).closest('li').index()]).addClass('info-visible');
  });

Но это не самый лучший вариант. Лучше для линка на который вы наводите прописать id или data атрибут такой же как класс который нужно сделать видимым (one, two, three, four, five ) . Ну и при наведении выбирать это значение.
тоисть ссилка должна быть <a href="#" data-visibleclass="one">...</a> и тогда:

$('.sub-menu_lvl1 li a').mouseenter(function() { 
    $('.sub-menu_lvl2').removeClass('info-visible');
    $('.sub-menu_lvl2.' + $(this).data('visibleclass')).addClass('info-visible');
  });

Может быть что у Вас отключено уведомление об ошибках, а сервер так настроен что на любую ошибку выдает ERROR 500. Советую сначала в PHP коде перед инклудом вставить

ini_set('display_errors', 1);
error_reporting(E_ALL);

Тогда должна вывестись ошибка (потом этот код лучше убрать). Скорее всего у вас не настроен ssl сертификат или в пхп не подлючен extension php_curl.dll , что не позволяет выполниться curl запросу и в результате Fatal error.

ну если брать именно по тексту то можно так

var texts = [];
    $('a').each(function() {
        if (texts.indexOf($(this).text()) == -1) {
             texts.push($(this).text())
        } else {
            $(this).remove();
        }
    })

Код не проверял но должно работать. Ну это только в том случае если текст в тегах идентичен.

Вообще у Вас в каждом выводе чекбокса

<td><input type="checkbox" name="theme_settings[show_block_2]" id="theme_settings[show_block_2]" value="1"<?php if($options[show_block_2]=='1') echo ' checked="checked"';?> /></td>

ошибка здесь $options[show_block_2]=='1' должно быть так $options['show_block_2']=='1') поидеи, тоить добавте кавычки в масиве.

И да, чтобы сохранить 0 для этих значений вам нужно добавить

<input type="hidden" name="theme_settings[show_block_1]" value="0">

перед каждым чекбоксом

Как сказал Nikita Velko там убирается скрол и ставиться паддинг, что изменяет ширину блока body, а для меню (блок с классом .menuFix) у вас стоит ширина в процентах, значит тоже изменяется. Лутшим решением будет поставить этому меню не 100% ширину а 100vw тоисть

.menuFix {
    width: 100vw;
}

правда не уверен на счет кроссбраузерности