MrStan1slav

https://jsfiddle.net/MrStan1slav/1n0Lj5w2

jsfiddle.net/MrStan1slav/5yahtgsb

1) Зависит от сложности макета, сам я не использую бутстрап и пока что неудобств не возникает.
2) Если вы будете знать флексы, то вам не составит труда понять, где и как лучше добавлять те или иные фреймворки/технологии и стоит ли их вообще добавлять.
3) Я думаю, что flex и grid хватает, тем более они справляются со своими задачами, Flex упрощает верстку того, для чего раньше надо было писать много кода, или вставлять костыли, а grid работает со сложной вёрсткой (хотя и для простых задач тоже годится).

Пример: https://jsfiddle.net/MrStan1slav/4fe5buxy
Можно без отлавливания кол-ва прокрученных пикселей узнать, доскролил ли пользователь до элемента с помощью getBoundingClientRect():
https://developer.mozilla.org/ru/docs/Web/API/Elem...
https://learn.javascript.ru/coordinates
scrollTo() - Скролл на определённое кол-во пикселей от начала страницы:
https://developer.mozilla.org/ru/docs/Web/API/Wind...
scrollBy() - Скрол на определенное кол-во пикселей от исходного положения:
https://developer.mozilla.org/ru/docs/Web/API/Wind...
В scrollTo() встроен механихм плавной анимации, а scrollBy нужно анимировать с помощью setInterval()
Анимация scrollBy() для плавной прокрутки: jsfiddle.net/MrStan1slav/0uvrawz3
Бонус: https://learn.javascript.ru/onscroll

https://jsfiddle.net/MrStan1slav/Lo68pdcw

Готовый пример: https://jsfiddle.net/MrStan1slav/nb1h7tdu

background-image: repeating-linear-gradient(to right, #000 0, #000 90%, red 0, red 100%);

Просто начните изучать jQuery. Если вы хорошо знаете JS, то вам не составит труда догадаться, как написать функции jQuery на чистом JS. Для разогрева: https://habr.com/post/31239/

От себя могу добавить, что jQuery был востребован раньше, когда ещё чистый JS был ватный. А сейчас, когда уже давно вышел ECMAScript 8, на JS можно реализовать подавляющее большинство идей. Плюс библиотека jQuery не такая уж и маленькая по размеру и может замедлить скорость загрузки сайтов.