Mopaxac Topa

Ну тут есть два варианта. Либо полностью самописная разработка.
Либо развернуть у себя на компе LAMP и накатить туда CMS mediaiwki например. И да, LAMP можно собрать portable. Таким образом можно закинуть все файлы на флешку и получится флешка которую можно втыкать в любой комп и запускать веб сервер со своей базой знаний. Вместо mediawiki я бы посмотрел wordpress, кастомизируй как хочешь, хоть потом открывай публичный доступ и продавай свои знания через wordpress.

По топику не сильно понятно что-же на самом деле хочет делать автор. Движок или саму базу?

У баз знаний есть одна особенность. Они обычно понятны только их создателю. Тоесть если вы хотите обобщенного решения - то берите mediawiki. Всем подходит. Но опции поиска будут - наподобие текстовых. Если какое-то очень узкое кастомное решение - то это какой-нибудь семантическйи веб (XML/RDF) но пользоваться этим и искать информацию сможет только их создатель. Зато можете искать информацию очень узко. Например "все друзья у которых есть вконтакте друг который входит в группу и т.д".

Я вот тоже пытался делать умные базы но в конечном счете все закончилось банальным языком разметки наподобие github markup language и текстовыми файлами.