Во-первых, нода ничего не знает ни о каких config.json, резолвинг модулей еще смотрит на package.json и то лишь на некоторые поля.
Во-вторых, es-modules должны иметь расширение .mjs в node.js, а .js и .cjs рассматриваются как common-js модули, для .js можно поменять поведение через флаги командной строки при запуске node.
В-третьих, common-js модуль нельзя напрямую импортировать из es-module, благо я давным давно сделал хелпер для этих целей:
https://www.npmjs.com/package/commonjs-variables-f...
Подробнее обо всем этом можно почитать тут:
https://nodejs.org/dist/latest-v18.x/docs/api/esm.html