Mithgol

Есть команда chcp, которая меняет кодировку терминала в Windows. А вообще лучше конечно не париться, а юзать хорошие вещи в хороших серверных OS.

Происходит ли автоматическое разлогинивание пользователя из мобильного Скайпа, если залогиниться с компьютера? А происходит ли разлогинивание на компьютере, если залогиниться с мобильника?

Нет, нет.

Если не происходит, то куда приходят звонки и сообщения?

И туда, и туда. Во все открытые (залогиненные) клиенты.

Синхронизируется ли история сообщений между двумя Скайпами одного пользователя, или же диалоги, происходившие на мобильнике, не копируются автоматически на компьютер? А с компьютера на мобильник?

Синхронизируется всё туда, где открыты клиенты. В закрытые, разумеется, не синхронизируется.

Есть еще Mikogo.
Требованиям вроде удоблетворяет — подключение только по согласию и на сайте написано, что весь трафик шифруется.
Правда направленность у них чуть больше не на удаленное управление, а на конференции, но просто управление тоже возможно.
В общем объективно оценить чем оно лучше или хуже TeamViewer'a не могу, использовал полтора раза, причем довольно давно, просто рассмотрите как альтернитиву.

sourceforge.net/projects/eaccelerator/files/eaccelerator/

Din Pattern — www.dinpattern.com/
Squidfingers — www.squidfingers.com/patterns/
Tile Machine — www.tilemachine.com/
Koller Media — www.kollermedia.at/index.php/pattern4u/

ну и разнообразные запросы в
search.creativecommons.org/

В IE 9 точно работает. Только что проверил ;)