Как избавиться от всплывающих приложений в Windows?

В любом случае для особо пронырливых программ можно использовать www.autohotkey.com/ или nncron.ru/

Эти программы висят в фоне и позволяют найти нужное окно и сделать с ним всё, что угодно. Хоть фокус перевести или увести, нажать клавишы в окно и управление мышью.