Под Windows XP решение формально простое:
TweakUI → General → Focus → Prevent applications from stealing focus
Правда, лично для меня оно работало лишь какое-то время, а потом приложения снова стали свободно забирать на себя фокус когда вздумается, игнорируя эту настройку.
Для Windows 7 существует некий
Ultimate Windows Tweaker, позиционирующий себя как некий
неофициальный TweakUI для Windows Vista/7. Возможно, эта настройка есть и в нём, и в Windows 7 она, возможно, будет работать более надёжно.