add_action('woocommerce_new_order', "your_function");
Зацепка на создание заказа, далее можете сделать так
function your_function($order_id){
$order = new WC_Order($order_id);
$order->set_total("1000","shipping");
}
Должно сработать, конкретнее сами под свои нужды допишите