Владимир

1 Ничего не трогайте и позовите админа - пусть починит и настроит бекапы.
2 Если админа нет то все плохо - у вас повреждены файлы в том числе и самого mysql сервера, что делать:
а) копируете все что есть сейчас в бекап бекапа и начинаете эксперименты (всегда должна быть копия файлов тк как некоторые действия могут только ухудшить состояние)
б) переустанавливаете mysql-server (мария дб, перкона или что у вас там, при этом той же версии) проверяйте что innodb движок появился
в) гуглите как пользоватся mysqlcheck и myisamchk, потом используете.

1 Уберите --exclude=/boot/* и ядро скопируется
2 после rsync не забудьте установить загрузчик.
Грабли могут быть:
1 если на новом железе есть устройства для которых нет драйверов в переносимой ОС.
2 содержиоме /etc/fstab возможно придется привести в порядок

План переезда по личному опыту - я возил 3 раза большие базы zabbix в mysql от 300гб и больше.
1 Устанавливаете zabbix и mysql идентичных версий на новом сервере
2 останавливаете zabbix на новом сервере
3 при помощи percona-toolsделаете бекап базы и везете его на новый сервер
4 поднимаете mysql репликацию с старого на новый
5 добавляете хостнейм/ип нового сервера в конфиги всех агентов
6 стопаете myql и заббикс на старом
7 убираете репликацию на новом
8 запускаете заббикс на новом
9 убираете ип старого на всех агентах
Итого даунтайм не больше 5 минут.

Вы же аудиопоток будете отдавать в какомто качетсве - это N-килобит в секунду исходящего трафика, дальше это умножаем на колво слушателей и получаем необходимую исходящую скорость для вашего радио.
По хостингу - вы сразу уточняйте: роскомпозор на вас и ваших слушателей влияет или нет ?

1 посмотрите какой в апаче MPM (Multi-Processing Module) у вас используется.
2 читаете документацию по настроке MPM который у вас стоит.
3 в зависимости от MPM правите настройки MaxRequestsPerChild MinSpareServers MaxSpareServers MaxRequestsPerChild и тд.

Потому что lsof показывает не только файлы, а еще пайпы и TCP соединения, возможно чтото еще.

1 iostat.discovery вобще не запускает какой либо скрипт а просто выполняет набор команд указанных в iostat.conf.
2 при опросе итемов запускается /usr/libexec/zabbix-extensions/scripts/iostat-parse.sh - открываете его и смотрите в каком месте выдается ошибка "FATAL: datafile not found" дальше ищете что же у вас не так.