Если вам не нужно сравнивать содержимое файлов (т.е. файлы с одним именем точно одинаковые в обеих папках), то подойдёт FAR:
https://www.farmanager.com/
Достаточно выделить папки в левой/правой панелях.
Хотя не исключаю, что он и содержимое сравнивать умеет, подзапамятовал уже.
По-моему, сравнение там есть из коробки, но если вдруг понадобится, то вот плагин:
https://plugring.farmanager.com/plugin.php?pid=643&l=ru 
