По хорошему ответ на вопрос в заголовке - практически никак и торренты с ломаным софтом этому аргумент.
Т.к. непонятно что защищать и от чего, то непонятно и что советовать, слишком много всего и обязательно что-то упустишь.
Задам вопрос по другому - почему неподходит выполнять команды на сервере и получать результат? Соответственно получится аутентифицировать и авторизовать пользователя, проверить оплату/баланс и отдать или нет результат.
Даже если же это on-prem решение по типу игр или фотошопа все равно какие то важные моменты можно вынести на свой сервер, без которых невозможна работа локально.