В плане удобства лучше вариант напрямую из приложении запросом - логика не разбивается на несколько мест и легче потом разбираться и править. По скорости здесь различий почти не будет.
Вот если бы у тебя была процедура, которая делает несколько запросов, что-то копирует, инсертит/апдейтит, в общем такая логика, которая бы потребовала несколько запросов вместо вызова функции/процедуры, то в таком случае конечно процедура/функция значительно быстрее отработает и тут уже баланс между удобством для сопровождения проекта и скоростью выполнения запросов.